Ниже приведен фрагмент выравнивания, по которому строились паттерны:
| Характеристика паттерна | Паттерн | В скольких последовательностях банка Swiss-Prot найден мотив, удовлетворяющий паттерну? | Все ли последовательности из Вашего выравнивания найдены? |
| Фрагмент последовательности | MNISDVAKITGLTSKAIRFY | 4 | нет, из моего выравнивания найдена последовательность только моего белка CUER_ECOLI |
| Сильный | MNI-[GS]-[EQD]-[AIV]-[SA]-[EK]-[RVLIK]-[ST]-[GS]-[LV]-[PST]-[SA]-K-[TMSA]-IR-[YLF]-Y | 10 | да, найдены все последовательности из моего выравнивания |
| Слабый | MNI-[GS]-X(2)-[SA]-[EK]-X-[ST]-[GS]-[LV]-X-[SA]-K-{YW}-I-R | 11 | да |
1) В результате поиска по первому паттерну (по фрагменту последовательности моего белка CUER_ECOLI), было найдено 4 аминокислотные последовательности, удовлетворяющие данному условию. Это белки CUER_ECO57, CUER_ECOL6, естественно, сам белок CUER_ECOLI, и CUER_SHIFL. Все найденные белки близкородственные. Организмы, которым они принадлежат, относятся к царству Bacteria, группе Proteobacteria, классу Gammaproteobacteria, порядку Enterobacteriales, но к разным штаммам (Shigella - к другому роду) - Escherichia coli, Escherichia coli O157:H7, Escherichia coli O6, Shigella flexneri соответственно. Все они кодируют белки - регуляторы экспорта меди (Copper Efflux Regulator).
2) В результате поиска по сильному паттерну было найдено 10 последовательностей. Все они кодируют белки - регуляторы экспорта меди (Copper Efflux Regulator).
3) В результате поиска по слабому паттерну было найдено 11 последовательностей, кодирующие белки - регуляторы экспорта меди (Copper Efflux Regulator).